Tiền sử đến năm 1989

Núi Unzen là một phần của Bán đảo Shimabara, nơi đã chứng kiến ​​núi lửa phun trào trên hàng triệu năm. Các trầm tích núi lửa lâu đời nhất trong khu vực có từ hơn 6 triệu năm trước, và các vụ phun trào lớn xảy ra trên toàn bán đảo giữa 2,5 và 0,5 triệu năm trước.

Nguồn gốc của phức hợp Unzen được bắt nguồn từ sự hình thành của một hố thông qua đứt gãy. Điều này làm cho các phần của bán đảo chìm xuống đến 1.000 m (3.300 feet) dưới mực nước biển và có thể gây ra hoạt động phun trào hạn định tại một phía bán đảo bên trong hố. Sự phun trào của dung nham dacitic bắt đầu từ một khu vực phía nam của Núi Unzen ngày nay và di chuyển về phía bắc theo thời gian.

Núi lửa nhanh chóng phát triển trong suốt 200.000 năm đầu tiên, tạo thành một hình nón lớn. Các vụ phun trào sau này trong 150.000 năm sau đã tràn ngập khắp nơi trong hố. Ban đầu, hoạt động bị chi phối bởi các dòng dung nham andesit và dòng tro chảy dày, thay đổi theo dòng chảy bùn dacitic và trầm tích rơi xuống từ 500.000 đến 400.000 năm trước. Giai đoạn từ 400.000 đến 300.000 năm trước đây đã chứng kiến ​​vị trí của các khu vực rộng lớn của lưu lượng pyroclastic và các mỏ lahar; chúng tạo thành phần chính của quạt núi lửa xung quanh núi lửa. Bắt đầu từ 300.000 đến 150.000 năm trước, các trầm tích được phun ra dày đã lắng xuống, cho thấy sự sụt lún của núi lửa vào hố của nó xảy ra nhanh chóng trong giai đoạn này.

Hoạt động từ 150.000 năm trước đến nay đã xảy ra tại một số địa điểm xung quanh phức hợp núi lửa, tạo nên bốn vòm chính tại các thời điểm khác nhau: các đỉnh núi lửa No-dake (70-150.000 năm tuổi), Myōken-dake (25-40.000 năm tuổi), Fugen-dake (trẻ hơn 25.000 tuổi) và Mayu-yama (4.000 năm tuổi). Fugen-dake là địa điểm phun trào nhất trong suốt 20.000 năm qua và cách trung tâm Shimabara khoảng 6 km (3,7 dặm).